Wat onderwijs op het niveau van de persoon teweeg moet brengen gaat vanaf 1990 het onderzoeks- en ontwikkelwerk in het EGO domineren. Vanuit een Piagetiaanse inspiratie krijgt het concept ‘fundamenteel leren’ of deep-level-learning dan vorm, verwijzend naar de veranderingen die zich op het niveau van basisschemata voltrekken. Dit concept levert de theoretische basis voor een reeks studies waarin diverse competentiegebieden aan de orde komen. Zij monden uit in een waaier van observatie- en test-instrumenten die tot vandaag in ontwikkeling zijn met een brede waaier van variabelen, die nagenoeg alle ontwikkelingsdomeinen dekken.

Het vrij kleuterinitiatief neemt in het tempelschema als één van de drie pijlers meteen de volle aandacht. Meer dan in een traditionele praktijk komt in een EGO-omgeving daarom aan het licht hoe kinderen met autonomie om kunnen gaan. De waarneming dat sommige kinderen niet tot (betrokken) activiteit kwamen – ondanks een rijke omgeving en afstemming van het aanbod op hun interesses – bracht het thema zelfsturing op de voorgrond. Op het vlak van de praktijk leidde dit al snel tot bijsturingen, zoals het begeleiden kinderen die niet kunnen kiezen, het aanreiken van voorbeelden van eindproducten in de knutsel- of bouwhoek, het gebruik van een keuzebord en een denkhoed…